Алтайский филиал ФГБНУ «ВНИРО» («АлтайНИРО») был создан в 60-х годах в форме Опорного пункта СибНИИРХ г. Барнаул, возглавляемый Солововым В.П., с целью прогнозирования и мониторинга ихтиофауны в р. Обь.

В 1975 г. произошло переименование Опорного пункта СибНИИРХ в Алтайскую озерно-речную лабораторию СибрыбНИИпроект. Основное научное направление сохраняется – прогнозирование и мониторинг ихтиофауны, но с проведением исследований не только на р. Обь, а аткже на основных озерных системах Алтайского края. Немного позднее началось активное изучение галофильного рачка артемия.

В 2000 году произошло переименование Алтайской озерно-речной лаборатории СибрыбНИИпроект в Алтайский филиал СибрыбНИИпроект.  В 2015 г. филиал стал Алтайским филиалом Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Государственный научно - производственный центр рыбного хозяйства» (ФГБНУ «Госрыбцентр»).  В 2019 г. Алтайский филиал ФГБНУ «Госрыбцентр» вошел в статусе филиала в состав Всероссийского научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии (Алтайский филиал ФГБНУ «ВНИРО», сокращенное наименование - «АлтайНИРО»).