Алтайский филиал ФГБНУ «ВНИРО» («АлтайНИРО») был создан в 1968 г. в форме Алтайского опорного пункта СибрыбНИИпроект г. Барнаула, возглавляемый до 1994 г. кандидатом биологических наук Солововым Валентином Петровичем (25.05.1930 – 10 11 2010 г.) с основным направлением - прогнозированием рыбы в р. Обь. Работы велись при полном взаимодействии с рыбопромышленными организациями.
В августе 1975 г. Алтайский опорный пункт СибрыбНИИпроект был преобразован в озерно-речную лабораторию, основным направлением научно-исследовательской деятельности которой стала разработка технологии выращивания товарной рыбы в озерах с неустойчивым гидрологическим режимом. За короткий период впервые в Сибири были внедрены в практику двукратное использование прудов-спутников для подращивания ранней весной личинок сиговых и выращивания летом молоди карповых рыб; изучена перспектива и практически внедрена технология выращивания товарного карпа в малых озерах за один сезон с использованием мер интенсификации – уплотненных посадок, минеральных удобрений, кормления; технология раннего зарыбления озер личинками сиговых рыб с учетом наличия весной доступного зоопланктона; обобщен материал по натурализации восточного леща и судака в верховьях Оби; в равнинных разнотипных озерах изучены биологические особенности карасей и показана перспектива их промысла, внедрено прогнозное обеспечение промысла рыбы.
С 1977 г. активно включено в работу Озерно-речной лаборатории изучение проблемы водных биокормов, прежде всего – использования сырьевых ресурсов артемии и гаммаруса. Впервые при участии специалистов разработан и открыт специализированный цех по переработке зимних цист рачка артемия и ликвидирован дефицит стартового корма для подращивания личинок ценных видов рыб.
С 1995 г. до 2005 г. организацию возглавлял кандидат сельскохозяйственных наук Ли Станислав Сергеевич. В 2000 году произошло переименование Алтайской озерно-речной лаборатории СибрыбНИИпроект в Алтайский филиал СибрыбНИИпроект.
С 2005 до 2007 г. директором Алтайского филиала СибрыбНИИпроект был кандидат экономических наук Подуровский Марат Александрович.
С 2007 до 2020 г. директором института был доктор биологических наук Веснина Любовь Викторовна.
В 2015 г. филиал преобразован в Алтайский филиал Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Государственный научно - производственный центр рыбного хозяйства» (ФГБНУ «Госрыбцентр»).
В 2019 г. Алтайский филиал ФГБНУ «Госрыбцентр» вошел в статусе филиала в состав Всероссийского научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии (Алтайский филиал ФГБНУ «ВНИРО», сокращенное наименование - «АлтайНИРО»).
С 2020 г. руководителем филиала является Щербаков Владимир Иванович.